哪些中小企业会被征收环境税？这是企业界特别珍惜的难题。
《环境保护税(征求意见稿)》(以下简称《征求意见稿》)规定，中小企业、企业及其他生产经营者需要向我国各领域及所辖其他近海区域的自然环境排放应税污染物(包括大气污染物、水污染物、废弃物、建筑工程噪声、制造噪声等污染物)的，为环境保护税纳税人。
但是，一般纳税人免税的企业、事业单位和其他中小企业生产经营者向非法设立的城市污水处理厂和城市贫困垃圾场排放应税污染物，以及中小企业、事业单位和其他生产经营者在符合国际环境保护标准的公共设施和娱乐活动中储存或处置的制造废物，不征收环境保护税。
根据《征求意见稿》，环境保护税按照监测(排放)重点项目的纳税人和监测(排放)非重点项目的纳税人进行分类管理。
是重点项目监测(污水排放)的纳税人，是指火电、钢铁、建材、电解铝、煤炭、机械制造、建材、矿业、石化、化工、制药厂、冶金(酿造、纺织、发酵、糖厂、添加剂原料)、造纸纺织等14个重点项目的水污染企业的纳税人，以及其他重点项目监测的中小企业。
中国民主建国会自然环境华商副会长罗建华研究认为，这14个重点项目中的水污染企业是最相似的“排放大户”，主要是大气和污染物排放集中的高排放企业。
中国电力委员会副主席王祉萱研究认为，环境税对火电企业的负面影响不大。一方面，强加的国际标准与现在大致相同；另一方面，火力发电企业排放的大气污染物的绝对数量已经相对较少。
此外，《征求意见稿》规定，中华人民共和国国务院和天津市人民政府以及省、自治区、直辖市可以根据环境保护的需要，增加(变更)重点项目水污染企业的品种。
根据《征求意见稿》，环境保护税的征税分为大气污染物、水污染物、废物和噪声等四类。，并明确了税目应按税目税表的规定执行。
在大气污染物和水污染物的收集范围内，根据每个排放口的污染物数量，水污染中钚的数量应至少不超过3项(5项为金属污染物)。省级天津市人民政府可以根据省级和台湾地区污染物减排的类似需求，增加同一网点征收环境保护税的应税污染物数量。
在税目税目列表中，水污染物包括第一、二届天猫一般纳税人避税的61种污染物，其分类依据《污水综合排放国际标准》(GB8978-1996)。《征求意见稿》要求同一排放只采集物理化学需氧量(COD)、生化需氧量(BOD5)和总有机碳(TOC)中的一项。
征求意见稿中规定的国际税收标准与现行征收排污费的国际标准大致相同。省级天津市人民政府可以综合考虑省级公路和台湾地区的自然环境承载力、水污染排放现状和经济发展与生态环境可持续发展的客观要求，对规定的国际税收标准提高应纳税污染物的适用税额，并报中华人民共和国国务院备案。对污染物排放超标和总量超标的，加倍征收环境保护税。对于按照环保法规征收环境税的，一般纳税人还是避税，收排污费。
根据《征求意见稿》，中小企业只有在超标的情况下才能将环境税提高一倍。
如污染物排放含量值高于国家规定的污染物排放国际标准或其中大部分标准，或污染物排放高于规定的排放总量基准，则按天猫一般纳税人国际避税标准的两倍当地适用税额征收。
另一种情况是，污染物排放含量值高于国家或大部分国际规定的污染物排放标准，且污染物排放量高于规定的排放总量基准的，按当地适用税种国际标准的三倍征收。
同时，《征求意见稿》也规定了环保税的“折扣”。纳税人排放的应税大气污染物和水污染物含量低于国家规定的国际污染物排放标准的50%或者大部分，且未超过污染物排放总量控制基准的，省、自治区、直辖市人民政府可以决定在一定期限内减半征收环境保护税。
与此同时，《征求意见稿》提出，中华人民共和国国务院可以根据社会上知情权的类似需求或应对根本性突发事件，制定专门的环境保护税
，报全国人民代表大会常务委员会备案。
纳税人免于环境税优惠场景，包括畜牧业制造排放的应税污染物(不含市场化水产养殖)；机动车、铁路电力机车、非主干道行驶机械、船舶、飞机等移动废水排放的应税污染物；城市污水厂或者城市贫困垃圾场向自然环境排放污染物，不超过国家规定的国际排放标准。
其中，车辆等交通工具排放的应税污染物免征环境保护税。环境保护部自然环境规划院自然环境行政院副院长葛查忠研究说:“既有交通工具污染物排放不能获批的因素，也有交通工具。还有像车船税、燃油税等税收项目等因素。”
根据《征求意见稿》，纳税人应向应税污染物排放地主管税务机关审批缴纳环境保护税。
环境保护税按月、按季或按年征收，由责任税务机关根据具体情况确定。如果不能在同一期限内计算支付，可以核准支付一次。
根据《征求意见稿》，纳税人应在缴纳期限届满后15日内，向主管税务机关申报纳税。
就审批细节而言，重点项目监测(污水处理)中小企业和非重点项目监测(污水处理)中小企业差别不大。其中，重点项目监测(排污)纳税人排放的应税污染物品种和数量的审批情况，由责任税务机关在缴纳期限届满后5日内报环境保护部门审批，环境保护部门在收到审批信息后30日内向责任税务机关出具审批意见。
非重点项目监测(排污)纳税人的审批信息，由责任税务机关报环保部门共同审批和发布。具体办法由省、自治区、直辖市人民政府制定。
同时，中小企业从事航空空航天向中国管辖海域排放应税大气污染物、水污染物和废弃物的，应当制定本法有关规定审批缴纳环境保护税。中华人民共和国国务院财政部门报海洋生物主管部门监管。
此外，缴纳中小企业未及时向税务机关审批缴纳的，将根据《税收征收条例》、《环境保护法》及相关规定进行处罚。
